Depuis 2004, l'Université de Nice a adopté système européen LMD (licence-master-doctorat); le Master Recherhce de Mathématiques est un diplôme délivré à bac+5 qui correspond aux anciens DEA et DESS, et qui se déroule sur deux ans.
    La seconde et dernière année constitue une initiation à la recherche, qui peut conduire à la préparation d'une thèse ou bien à un recrutement en entreprise à un poste requérant un haut niveau en mathématiques. Cette formation peut inclure une dose importante de Mathématiques de l'Informatique et de Mathématiques Appliquées, qui ouvrent l'accès à des débouchés très variés.
    Depuis la rentrée 2010, le département a mit en place un Master de préparation à l'Agrégation.